Yannis Zouganelis 3 Şubat 1956'da Atina'da doğdu ve Mykonos ile Naxos'tan gelmektedir. Isidora Sideris ile evlidir ve birlikte bir kızları vardır: Eleonora Zouganelis. Her iki ebeveyninin de sağır olması, sonraki gelişimi üzerinde büyük bir etki yaratmıştır. Müzik eğitimine okul öncesi çağında Agios Nikolaos Acharnon'da kantor profesör Th. Theodorakopoulos ile Bizans müziği üzerine başladı. Helen Konservatuvarı'nda gitar, profesörler X. Ekmektsoglou ve Costas Triandos'tan gitar, Antiochos Evaggelatos ile teori çalıştı. Atina Ulusal Konservatuvarı'nda Patrikidis ve Vokos'un eğitiminde armoni, ileri teori ve piyano eğitimine devam etti. Besteci Nikos Mamagakis, müzik çalışmalarının gelişiminde belirleyici rol oynadı ve ona orkestrasyon ile ritim öğretti. 1975 yılında, Kültür Bakanlığı'ndan aldığı bursla ("On Bizans Denemesi" adlı küçük senfonik topluluk ve karma koro eseri için) Münih Sanat Akademisi'nde beste, orkestrasyon ve opera eğitimi aldı ve onur derecesiyle mezun oldu.