米カリフォルニア州生まれ、マサチューセッツ州ボストン育ち。弟のケイシー・アフレックも俳優。10代の頃からCMやTVドラマ、インディペンデント映画に出演。幼なじみのマット・デイモンとの共作「グッド・ウィル・ハンティング　旅立ち」（97）でアカデミー脚本賞を受賞し、一躍有名になる。その後「アルマゲドン」「恋におちたシェイクスピア」（ともに98）、「パール・ハーバー」（01）などの大作に次々と出演。07年、弟ケイシーの主演作「ゴーン・ベイビー・ゴーン」で監督に初挑戦し、監督第2作「ザ・タウン」（10）では自ら主演を務めた。製作・主演を兼ねた監督第3作「アルゴ」（12）でアカデミー作品賞を受賞し、2つ目のオスカーを獲得した。ワーナー×DCの「バットマン vs スーパーマン　ジャスティスの誕生」（16）や「ジャスティス・リーグ」（17）ではバットマンを演じる。その他の出演作に「チェイシング・エイミー」（97）、「ゴーン・ガール」（14）など。「デアデビル」（03）で共演したジェニファー・ガーナーと05年に結婚し子どもを3人もうけたが、17年に離婚した。